蛋白質(zhì)組(proteome)一詞它來源于protein和genome兩個(gè)單詞，它是指一個(gè)細(xì)胞、組織或生物個(gè)體基因組所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)的總和。對應(yīng)于研究基因組(genome)的基因組學(xué)(genomics)，蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics)則是研究蛋白質(zhì)組(proteome)的科學(xué)。
 

　　蛋白質(zhì)組學(xué)是指系統(tǒng)研究某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)，包括組成蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的氨基酸序列，蛋白質(zhì)的豐度，蛋白質(zhì)的修飾以及蛋白質(zhì)之間的相互作用。
 

　　蛋白質(zhì)組學(xué)通常被認(rèn)為是在基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)之后，生物系統(tǒng)研究的下一步。然而，蛋白質(zhì)組的研究遠(yuǎn)比基因組學(xué)復(fù)雜，這是由于蛋白質(zhì)內(nèi)在的復(fù)雜特點(diǎn)，如蛋白質(zhì)各種各樣的翻譯后修飾所決定的。
 

　　現(xiàn)階段市面上流行的應(yīng)用較廣的蛋白質(zhì)組學(xué)解決方案共有4中：TMT、iTRAQ、DIA和Label-free，這幾種研究策略具有不同特點(diǎn)。
 

　　TMT/iTRAQ:
 

　　1、分離能力強(qiáng)：可分離出酸/堿性蛋白，小于10KD或大于200KD的蛋白、難溶性蛋白等；
 

　　2、適用范圍廣：可以對任何類型的蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定，包括膜蛋白、核蛋白和胞外蛋白等；
 

　　3、高通量：可同時(shí)對多個(gè)樣本進(jìn)行分析，特別適用于采用多種處理方式或來自多個(gè)處理時(shí)間的樣本的差異蛋白分析；
 

　　4、結(jié)果可靠：定性與定量同步進(jìn)行，同時(shí)給出每一個(gè)組分的相對表達(dá)水平、分子量和豐富的結(jié)構(gòu)信息；
 

　　5、自動(dòng)化程度高：液質(zhì)聯(lián)用，自動(dòng)化操作，分析速度快，分離效果好。
 

　　Label_free:
 

　　1、無需標(biāo)記，操作簡單；
 

　　2、不受比較樣品數(shù)限制，可進(jìn)行大批量的樣本檢測；
 

　　3、對實(shí)驗(yàn)操作穩(wěn)定性、重復(fù)性要求高；
 

　　4、準(zhǔn)確性較標(biāo)記定量略低；
 

　　5、前處理少，更多保留樣本最原始信息；
 

　　6、對于低豐度多肽的覆蓋程度更高；
 

　　DIA:
 

　　1、重復(fù)性好：DIA數(shù)據(jù)完整性為98%，DDA數(shù)據(jù)完整性為49%；
 

　　2、鑒定敏感度高，能鑒定更多低豐度蛋白；
 

　　3、定量準(zhǔn)確性高，定量準(zhǔn)確度與MRM技術(shù)相當(dāng)，CV值可達(dá)10%左右；
 

　　4、通量高，無需同位素標(biāo)記；
 

　　5、數(shù)字化蛋白信息，可回溯；
 

　　6、樣本量大：DIA技術(shù)可以在一次實(shí)驗(yàn)中同時(shí)對幾十、上百例樣本進(jìn)行差異表達(dá)蛋白質(zhì)進(jìn)行分析。